Čiščenje je temeljni korak pri vzdrževanju kartotečnih omar, metode pa se razlikujejo glede na material. Pri kovinskih omarah za dokumente uporabite mehko, suho krpo, da obrišete prah s površine. Če so madeži, navlažite mehko krpo z razredčenim, blagim, nevtralnim detergentom in nežno obrišite; izogibajte se kislim, alkalnim ali jedkim čistilom, saj lahko poškodujejo zaključek. Po čiščenju obrišite vso vlago s suho krpo, da preprečite rjo, ki jo povzroča preostala voda.
Čiščenje lesenih kartotečnih omaric zahteva posebno pozornost pri nadzoru vlage. Za rutinsko čiščenje obrišite površino z rahlo navlaženo mehko krpo in jo takoj osušite s suho krpo. Preprečite, da bi v les prodrla prekomerna vlaga, kar bi lahko povzročilo zvijanje ali razpoke. Za furnirane ali lakirane lesene omare ne uporabljajte loščil-na osnovi voska, ker lahko pustijo površino lepljivo ali poškodujejo zaključek.
Pri čiščenju kartotečnih omar s steklenimi vrati uporabljajte namensko čistilo za steklo in se izogibajte uporabi trdih orodij, ki bi lahko opraskala stekleno površino. Pri odpiranju in zapiranju z vrati ravnajte previdno, da preprečite, da bi steklo zaradi udarca počilo.